Tudo começou no ano de 1996 de forma grandiosa. A primeira edição da festa ocorreu nos dias 9 e 10 de fevereiro, como forma de festejar os 20 anos da Rádio Atlântida. Além da música, a estrutura teve áreas de esporte radical, como pistas de roller, kart indoor e paredão para montanhismo. No Palco Central, a banda Mamonas Assassinas foi a atração principal. Titãs, Fernanda Abreu, Rita Lee, Charly García e os gaúchos Maria do Relento e Papas da Língua, além da extinta Harmadilha também estavam no line-up. Menos de um mês depois do show dos Mamonas, em 2 de março, a trajetória de sucesso do quinteto foi interrompida. A aeronave em que o grupo paulista viajava chocou-se contra a Serra da Cantareira, em Guarulhos, matando os cinco integrantes. 

A segunda edição do festival foi, na verdade, o único evento do tipo no país naquele ano e se concretizou como um evento tradicional no Rio Grande do Sul. A festa também foi dividida em duas datas, em 31 de janeiro e 1º de fevereiro, e teve um line-up composto por nove artistas no Palco Central nos dois dias. Todos inéditos. Os gaúchos da Cidadão Quem, liderados por Duca Leindecker, já haviam emplacado a canção “Os Segundos” na trilha sonora da novela teen Malhação, da Rede Globo. Ícones da música nacional, Paralamas do Sucesso e Lulu Santos também estiveram no evento. Paula Toller liderou o Kid Abelha, com um micro vestido branco, tornando-se a musa do Planeta Atlântida naquele ano. O ano ainda teve a estreia do Skank, que se tornaria uma das bandas mais presentes da história do festival, e o argentino Fito Páez.

Dois anos após a estreia no Rio Grande do Sul, o Planeta Atlântida ganhou uma versão em Santa Catarina. O line-up das festas, nos dois estados, em 1998, incluiu nomes como a baiana Daniela Mercury, a carioca Fernanda Abreu, os mineiros do Jota Quest e o rapper Gabriel, O Pensador. A estrela, porém, foi Sebastião Rodrigues Maia, o Tim Maia. O show foi um dos últimos do carioca, que morreu por problemas respiratórios pouco mais de um mês depois, em 15 de março. Aos 55 anos, imenso, suado, embalou a plateia com sua soul music e hits como "Azul da Cor do Mar", "Gostava Tanto de Você" e "Não Quero Dinheiro", o ápice do espetáculo que levantou o público. Quem também surgiu nesta edição foi o cantor Netinho, que na época empilhava sucessos de verão como "Milla" e "Pra Te Ter Aqui", que entrou na trilha sonora da novela Corpo Dourado da Rede Globo. Rita Lee e Titãs, que já haviam se apresentado na primeira edição do festival, retornaram para novas apresentações.

A quarta edição do festival teve como uma das principais atrações Ivete Sangalo, então na Banda Eva, e foi marcada pela união entre axé e rock n’ roll. A baiana estava prestes a deixar o conjunto e embarcar em uma carreira solo. Outro hit daquele verão era o conjunto Terra Samba. Embora com alguns anos de carreira, o grupo só estourou mesmo nas paradas de sucesso com as canções “Carrinho de Mão”, “Tá Tirando Onda”, “Deus é Brasileiro” e “Liberar Geral”. Ainda no clima carnavalesco, a Banda Beijo, liderada pela cantora Gilmelândia, subiu ao palco do festival levando os sucessos "Bate Lata" e "Peraê" para embalar os planetários no ritmo baiano. Paralelo ao axé, os gaúchos do Engenheiros do Hawaii e Cidadão Quem, os cariocas do Barão Vermelho e as bandas mineiras Skank, Pato Fu e Jota Quest representaram o gênero pop rock.